大阪環状線や阪和線で発生した遅延は、大和路線の列車にも及ぶ場合がある。また、阪和線から大和路線に乗り入れる221系の運用もあるため、阪和線にダイヤ乱れが発生するとJR難波発の快速加茂・五条行にも遅延が発生する場合がある。
天王寺駅 - 新今宮駅間は大阪環状線と別線（複々線）で、新今宮駅からも大阪環状線とは別線を進むJR難波発着の列車があることや、大和路快速を運休および運転整理によって発着駅変更してJR難波発着にすることにより、若干ではあるが大阪環状線内での他路線からの直通列車の遅延の影響を緩和している。
平日ダイヤの初発 - 9:00と、17:00 - 21:00まで、JR難波駅 - 奈良駅間を運転する6両編成の103系と201系の3号車、および奈良駅 - 木津駅を運転する207系の奈良方から3両目が女性専用車となっている。対象車両および乗車位置には、女性専用車の案内表示がある。ただし、平城山駅・木津駅にはこの表示はない。
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なお、ダイヤ乱れの際は女性専用車が解除されることがある。
JR西日本は「車内での迷惑行為防止の観点から、安心して利用できる車内空間を提供することを目的としている。」と公式サイト上でコメントしている。
大和路線での使用車両について以下に記す（全て電車である）。なお、他路線が主体となる車両は記載していない。
221系（奈良電車区所属）
主として快速系に運用されるが、早朝や夜間などには普通列車にも使われる。和歌山線・桜井線にも乗り入れる運用がある。1989年から投入された。
223系6000番台（宮原総合運転所所属)。